二氧化碳培養(yǎng)箱污染是導(dǎo)致細(xì)胞培養(yǎng)失敗的一個(gè)主要因素，所以要減少和防止污染的發(fā)生，主要途徑是盡量減少微生物可以生長(zhǎng)的區(qū)域和表面，采取消毒措施。
例如，針對(duì)箱內(nèi)濕熱環(huán)境易滋生細(xì)菌等問題，我們采用在1000 mL水中加2 mL新潔爾滅液，定期用酒精和紫外線消毒箱內(nèi)空氣，培養(yǎng)物酒精擦拭人箱內(nèi)，盤里的水至少要一周換一次，控制污染，可以維持適應(yīng)的蒸發(fā)作用，減少箱內(nèi)微生物滋生速度。
為了培養(yǎng)箱免受污染并且儀器箱體內(nèi)的生物清潔性，有些二氧化碳培養(yǎng)箱設(shè)計(jì)了自動(dòng)排除污染裝置來有效防止污染的產(chǎn)生。目前有多種消毒滅菌方式， 如帶有紫外消毒功能的CO2培養(yǎng)箱。
還有的設(shè)計(jì)生產(chǎn)了HEPA過濾器能過濾培養(yǎng)箱內(nèi)空氣，可過濾除去99.97%的0.3/an以上的顆粒，此外，還有設(shè)計(jì)了能使箱內(nèi)達(dá)到高溫濕熱的環(huán)境從而殺死污染微生物，達(dá)到消毒滅菌目的的培養(yǎng)箱。
